Βάσει του άρθρου 3 του Κανονισμού Λειτουργίας του ΚΕΜΕ-ΠΚ, το Δ.Σ. του Εργαστηρίου ΚΕΜΕ-ΠΚ είναι πενταμελές και τα μέλη του έχουν ειδίκευση στις Ανθρωπιστικές, ή Κοινωνικές ή/και Επιστήμες της Αγωγής.

Το Δ.Σ. απαρτίζεται από: α) τον/ την Διευθυντή/ Διευθύντρια του ΚΕΜΕ-ΠΚ και τον/ την Αναπληρωτή/ Αναπληρώτρια Διευθυντή/ Διευθύντρια, που είναι Καθηγητές (πρώτης βαθμίδας) ή Αναπληρωτές Καθηγητές και ενεργοί ερευνητές, και β) από έναν εκπρόσωπο των τριών Σχολών του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ρέθυμνο, οι οποίοι εκλέγονται από καθηγητές όλων των βαθμίδων και Λέκτορες της Σχολής τους σύμφωνα με τη διαδικασία που ισχύει για την εκλογή εκπροσώπων των Σχολών στον Ειδικό Λογαριασμό του Παν/μίου Κρήτης. Η θητεία του Δ.Σ. είναι πενταετής.