Η ιδέα να δημιουργηθεί ένα Ερευνητικό Κέντρο αφιερωμένο στη μελέτη των Ανθρωπιστικών και των Κοινωνικών Επιστημών καθώς και των Επιστημών της Αγωγής διαμορφώθηκε πολύ νωρίτερα από το 2000, όταν και ξεκίνησε η υλοποίησή της. Η δημιουργία του Κέντρου υποστηρίχθηκε από την Πρυτανεία του αείμνηστου Χρήστου Νικολάου και τους τότε Αντιπρυτάνεις, τον αείμνηστο Άγγελο Κρανίδη και τον Μιχάλη Δαμανάκη. Στο ίδιο πλαίσιο, ακολούθησε μία σειρά διεργασιών στα Τμήματα και την Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης κατά το ακαδημαϊκό έτος 2000 – 2001.

Δίνοντας μεγάλη έμφαση στον ιδρυματικό χαρακτήρα του Κέντρου και στην κατασκευή των υποδομών του, οι διεργασίες συνεχίστηκαν υπό την Πρυτανεία αρχικά του Καθηγητή Ιωάννη Παλλήκαρη και ακολούθως του Καθηγητή Ευρυπίδη Στεφάνου. Το 2009 συντάχθηκε ο πρώτος κανονισμός οργάνωσης και λειτουργίας του Κέντρου, ο οποίος εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης. Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο αποτελούνταν από τον Καθηγητή Μιχάλη Δαμανάκη στη θέση του Διευθυντή, τον Καθηγητή Σκεύο Παπαϊωάννου στη θέση του Αναπληρωτή Διευθυντή και ως μέλη τους Κοσμήτορες των τριών Σχολών του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ρέθυμνο, Καθηγητές Αλέξη Καλοκαιρινό, Παναγιώτη Μιχαηλίδη και Αθανάσιο Παπαδόπουλο. Ο κύριος στόχος του πρώτου Διοικητικού Συμβουλίου ήταν η ένταξη και η στέγαση ερευνητικών εργαστηρίων των τριών Σχολών στο ΚΕΜΕ-ΠΚ, σύμφωνα με σαφή επιστημονικά κριτήρια. Το εν λόγω κανονιστικό πλαίσιο εφαρμόστηκε από τους Σκεύο Παπαϊωάννου (Διευθυντής) και τον Παναγιώτη Μιχαηλίδη (Αναπληρωτής Διευθυντής).

Το αρχικό πλαίσιο λειτουργίας του ΚΕΜΕ-ΠΚ αναθεωρήθηκε από την Καθηγήτρια Μαρία Κούση από τη θέση της Διευθύντριας και τον Καθηγητή Παντελή Καλαϊτζιδάκη από τη θέση του Αναπληρωτή Διευθυντή και εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης το 2015, υπό την Πρυτανεία του Ευρυπίδη Στεφάνου. Σύμφωνα με τον επικαιροποιημένο κανονισμό οργάνωσης και λειτουργίας, υιοθετήθηκε η εκλογή του Διοικητικού Συμβουλίου του ΚΕΜΕ-ΠΚ με την ίση εκπροσώπηση των τριών Σχολών και δόθηκε η δυνατότητα ενσωμάτωσης ανεξάρτητων ερευνητών εκτός των ενταγμένων εργαστηρίων καθώς και προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών. Το νέο κανονιστικό πλαίσιο δημοσιεύτηκε σε ΦΕΚ και εφαρμόστηκε το 2016, όταν και εκλέχθηκε το πρώτο πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο με Διευθύντρια την Καθηγήτρια Μαρία Κούση. Το 2021 εκλέχθηκε το δεύτερο Διοικητικό Συμβούλιο με Διευθύντρια την Καθηγήτρια Στέλλα Γιακουμάκη.